タイトル

ナンバリングコード     科目ナンバリングについて
授業科目名 科目区分 時間割 対象年次及び学科
応用酵素化学特論Ⅱ    
Applied Enzymology Ⅱ
  3Q 火2   農学研究科 
講義題目 水準・分野 DP・提供部局
対象学生・
特定プログラムとの対応
 
 
  ABXA  
担当教員 授業形態 単位数 時間割コード
櫻庭 春彦[Sakuraba Haruhiko] Lx 1 952740
DP・提供部局  
ABXA
 
授業形態  
Lx
 
関連授業科目  
 
履修推奨科目  
 
学習時間  
講義90分 × 8回 + 自学自習 (準備学習14時間+事後学習16時間)
 
授業の概要  
本講義では、酵素の立体構造情報の取得方法を学び、構造解析された酵素を容易に観察できるviewerプログラムの使用法をマスターする。プログラムとして PyMol、Cootなどを取り上げ、これらの使用法と、どのような分析・観察が可能か実習形式で解説する。
This class is intended to demonstrate how to use capable molecular viewer and model manipulator (PyMol & Coot) for protein structure.
 
授業の目的  
酵素の立体構造を解析することは、生命活動の理解や酵素の産業利用において必要不可欠な要素となっている。酵素の立体構造情報は、データバンクに年々蓄積されており、その情報は自由に利用することができる。viewerプログラム使用法をマスターすることで、酵素の構造を分析・観察し応用につなげる技術を取得する。DPの「専門知識・理解」「研究能力・応用力」に対応
1.To understand protein coordinate file.
2.To understand operation of molecular viewer for enzyme structure.
 
到達目標  
・タンパク質の座標ファイルをダウンロードし、利用・編集できる。
・viewerプログラムにより、酵素の構造を観察できる。
1.Students can utilize protein coordinate file.
2.Students can operate molecular viewer.
 
成績評価の方法と基準  
作図した提出物およびプログラム使用法取得のための意欲で評価する
提出物は、正確さ、わかりやすさ、理解度、充実度について4段階で評価する。
Valuation: drawing products
 
授業計画・授業及び学習の方法・準備学習及び事後学習のためのアドバイス  
第1回:プロテインデータバンクと座標ファイル(事後学習2時間)
Protein Data Bank and coordinate file
第2回:コマンドライン入力(準備学習2時間+事後学習2時間)
Getting started with commands
第3回:コマンドの構文と原子セレクト 1. アミノ酸残基(準備学習2時間+事後学習2時間)
Comand syntax and atom selection 1. amino-acid residue
第4回:コマンドの構文と原子セレクト 2.リガンド(準備学習2時間+事後学習2時間)
Comand syntax and atom selection 2. ligand
第5回:チュートリアル 1. アルドラーゼ(準備学習2時間+事後学習2時間)
Tutorial 1. aldolase
第6回:チュートリアル 2.タガトースエピメラーゼ(準備学習2時間+事後学習2時間)
Tutorial 2. tagatose epimerase
第7回:チュートリアル 3.プシコースエピメラーゼ(準備学習2時間+事後学習2時間)
Turotial 3. psicose epimerase
第8回:演習、作図(準備学習2時間+事後学習2時間)
Exercise
(準備学習、事後学習のためのアドバイス)
第1回:プロテインデータバンクから座標ファイルが取得できる(事後学習2時間)
Protein Data Bank and coordinate file
第2回:コマンドライン入力の基本操作ができる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Getting started with commands
第3回:アミノ酸残基がセレクトできる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Comand syntax and atom selection 1. amino-acid residue
第4回:リガンドが認識できる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Comand syntax and atom selection 2. ligand
第5回:アルドラーゼの構造を分析・観察できる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Tutorial 1. aldolase
第6回:タガトースエピメラーゼの構造を分析・観察できる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Tutorial 2. tagatose epimerase
第7回:プシコースエピメラーゼの構造を分析・観察できる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Turotial 3. psicose epimerase
第8回:構造の作図ができる(準備学習2時間+事後学習2時間)
Exercise
 
教科書・参考書等  
教科書:資料を配布する
Lecturer will hand out materials accordingly.
参考書等: Hiromi Yoshida et al. (2007)
Crystal structures of D-tagatose 3-epimerase from Pseudomonas cichorii and its complexes with D-tagatose and D-fructose. Journal of Molecular Biology, 374, 443-453
 
オフィスアワー  
火曜日17時から18時
 
履修上の注意・担当教員からのメッセージ  
PC持参のこと
Students are required to bring laptop PC.
 
参照ホームページ  
 
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