タイトル

ナンバリングコード  
授業科目名 科目区分 時間割 対象年次及び学科
応用酵素化学特論Ⅱ    
Applied Enzymology Ⅱ
  前期 火2 1~ 農学研究科 
講義題目 水準・分野 DP・提供部局
対象学生・
特定プログラムとの対応
 
Analysis of enzyme structure
     
担当教員 授業形態 単位数 時間割コード
櫻庭 春彦[Sakuraba Haruhiko]   1 951820
DP・提供部局  
2abxGA
 
授業形態  
 
関連授業科目  
構造生物化学特論
 
履修推奨科目  
 
学習時間  
講義90分 × 8回 + 自学自習
 
授業の概要  
本講義では、タンパク質の立体構造情報の取得方法を学び、構造解析されたタンパク質を容易に観察できるviewerプログラムをマスターする。プログラムとして PyMol、Cootをなどを取り上げ、これらの使用法と、どのような分析・観察が可能か解説する。

This class is intended to demonstrate how to use capable molecular viewer and model manipulator (PyMol & Coot) for protein structure.
 
授業の目的  
タンパク質の立体構造情報は、データバンクに年々蓄積されており、その情報は自由に利用することができる。viewerプログラムをマスターし、酵素の構造を分析・観察することにより、酵素についての基礎並びに応用に関するより深い知識を習得する。
DPの「専門知識・理解」「研究能力・応用力」に対応

1.To understand protein coordinate file.
2.To understand operation of molecular viewer for enzyme structure.
 
到達目標  
・タンパク質の座標ファイルをダウンロードし、利用・編集できる。
・viewerプログラムにより、酵素の構造を観察できる。


1.Students can utilize protein coordinate file.
2.Students can operate molecular viewer.
 
成績評価の方法と基準  
レポートで評価する。

Drawing products.
 
授業計画並びに授業及び学習の方法  
講義形式で行う。必要に応じて、スライドなどの視聴覚機器を使用して説明する。
1.Protein Data Bank and coodinate file プロテインデータバンクと座標ファイル
2.Getting started with commands    コマンドライン入力
3.Comand syntax and atom selection 1 コマンドの構文と原子セレクト 1
4.Comand syntax and atom selection 2 コマンドの構文と原子セレクト 2
5.Tutorial 1         チュートリアル 1
6.Tutorial 2         チュートリアル 2
7.Turotial 3         チュートリアル 3
8.Exercise           演習 
 
教科書・参考書等  
教科書は利用せず、適宜資料を配布する
Methods in Enzymology: Sidney P. Colomick and Nathan O. Kaplan, Academic Press
 
オフィスアワー  
火曜日17:00-
Tuesday17:00-
 
履修上の注意・担当教員からのメッセージ  
PC持参のこと
Students are required to bring laptop PC.
 
参照ホームページ  
 
メールアドレス  
 
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